唐山地震局

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注释类型和来源

唐山地震局

注释平台托管来自各种提供者的注释,涵盖不同的注释类型(例如,命名实体和关系)。下表列出了注释的类型和相应的提供程序。

命名实体 (种质,基因/蛋白质,化学物质,生物,疾病,基因本体论,资源,实验方法) 基因突变 基因-疾病关系 基因功能注释 蛋白质相互作用 转录因子-靶基因关系 生物事件 (磷酸化事件) 细胞,细胞系,临床药物,序列,分子过程,器官组织 细胞,表型,分子,解剖,通路
HES-SO / SIB
网络
开放目标平台
完整
透射电镜
PubTator(NCBI)
ExTRI(NTNU / CNIO / BSC)
本体基因
凤凰银行

如果您是文本挖掘小组并且可以提供我们要求的格式的注释,请阅读这里

JSON-LD注释格式

本段描述了有关将注释数据提供为JSON-LD的详细信息。 JSON-LD(用于链接数据的JSON)是JSON的一种变体,它可以链接来自不同资源的数据。 有关JSON-LD的更多详细信息,请参考以下链接:JSON-LD定义JSON-LD语法.

注释在Web注释数据模型(OA)中建模。有关OA模型的更多详细信息,请参考以下链接:OA定义OA词汇.

To represent annotations as JSON-LD a context must be provided (represented by the keyword @context in JSON-LD). The context allows applications to interpret the data being exchanged (using a set of URIs linking to various terms in specified vocabularies and ontologies). For the the purpose of Annotation API, the context file can be found 这里.

根据注释的类型,可以使用不同类型的JSON-LD表示形式:

  • 命名实体注释(即由欧洲PMC提供)
    {
       "@context": "/docs/europepmc-annotation-api-vocab.json", # context file
       “ id”:“ /articles/MED/21494379#europepmc_1-1",#注解链接返回
       "type": "Annotation",
       “ creator”:“ europepmc”,#提供者
       “ body”:“ /obo/CHEBI_29228”,已标记数据库实体的#uri
       "target": {
          “ id”:“ /articles/MED/21494379#europepmc_1-1",#注解链接返回
          “来源”:“ /articles/MED/21494379”,#个文章页面网址
          “ isPartOf”:“标题”,出现注释的文章的#部分
          "selector": {
             "type": "TextQuoteSelector",
             “ exact”:“ Fluoride”,文章内注解的#文本
             “ prefix”:“”,文章内注释的#前缀
             “后缀”:“一些发酵品牌的集中度”#本文内注的后缀
          }
       }
    }
    
  • 基于句子的注释(即由HES-SO / SIB Text Mining for Elixir,NaCTeM,IntAct提供)
    {
       "@context": "/docs/europepmc-annotation-api-vocab.json", # context file
       “ id”:“ /abstract/MED/15892892#geneRif_356408_P36159",#注解链接返回
       "type": "Annotation",
       “创建者”:“用于Elixir的HES-SO / SIB文本挖掘”,#提供者
       “ target”:“ /uniprot/P36159”,已标记数据库实体的#uri
       "body": {
          “ id”:“ /abstract/MED/15892892#geneRif_356408_P36159",#注解链接返回
          "type": "TextualBody",
          “ value”:“在这项工作中,我们显示了TRZ1(tRNase Z 1)编码的ELAC2的酵母同源基因在遗传上参与RNA加工。
          “来源”:“ /articles/MED/15892892”,#个文章页面网址
          “ isPartOf”:“摘要”#本文出现注释的#部分
       }
    }
    
  • 包含基因疾病关系的注释(即由Open Targets Platform和DisGeNET提供)
    {
       "@context": "/docs/europepmc-annotation-api-vocab.json", # context file
       “ id”:“ /articles/PMC3691765#openTargets_1563_Q14790_EFO_0001668",#注解链接返回
       "type": "Annotation",
       “ creator”:“ OpenTargets”,#提供者
       "target": {
          "type": "List",
          "items": [ { "id": "/uniprot/Q14790", "label": "caspase 8" }, { "id": "/efo/EFO_0001668", "label": "HPV" } ] # uri of the tagged database entities
       },
       "body": {
          “ id”:“ /articles/PMC3691765#openTargets_1563_Q14790_EFO_0001668",#注解链接返回
          "type": "TextualBody",
          “ value”:“ caspase 8(HPV”,文章内部注释的#个文本
          “源”:“ /articles/PMC3691765”,#个文章页面网址
          “ isPartOf”:“表”#显示注释的文章的#部分
       }
    }
    
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