应用与环境微生物学® （AEM）发表有关应用微生物研究，微生物生态学基础研究以及关注实用价值微生物主题的遗传和分子性质研究的各个方面的描述。研究必须解决显着的微生物原理，基本的微生物过程或应用或环境微生物学中的基本问题。涉及的主题包括与食品，农业，工业，生物技术，公共卫生，植物和无脊椎动物有关的微生物学，以及与微生物生态有关的细菌，真菌，藻类，原生动物和其他简单的真核生物的基本生物学特性。手稿应报告新的重要发现，以促进对微生物学的理解，并为其他科学家提供基础。为了最好地服务于读者，该期刊必须只接受那些对应用和环境微生物学领域最重要的论文。因此，编辑将拒绝那些手稿，这些手稿虽然听起来很科学，但仅代表其他研究的增量扩展，主要是确定性的，或者没有深入探讨问题。
AEM发表了小型评论，对当前与该期刊各个章节相关的主题进行了深入评估。有关minireviews的其他信息，可以在本说明的后续部分中找到。
AEM欢迎进行有关自然或实验系统的微生物学和功能的微生物组研究。微生物组研究的性质将决定将在期刊的哪一部分发表。
的生物降解 本节介绍了用于改变，去除或利用环境或人为化学物质的新型微生物过程。
中的论文生物技术 本节描述了生物的使用和修饰，以实现对社会有益的目标。
的环境微生物学 本节涵盖了重点研究与环境中的微生物有关的手稿。这与微生物生态学部分不同，后者侧重于生态关系，例如生物之间的相互作用，它们在生态系统中的结构和功能作用以及社区一级的研究。因此，“环境微生物学”部分的文章重点关注环境中的特定生物，而不是整个社区，以及那些研究未关注隐含或陈述的潜在生态关系的文章。
的酶学和蛋白质工程 本部分涵盖了与微生物催化有关的广泛主题，并包括描述（i）具有环境或工业意义的蛋白质的结构和功能以及如何对其进行修饰以实现实际的催化目的以及（ii）真菌的酶学或生物合成的论文，对环境或社会具有重要意义的藻类和细菌代谢物或毒素。
包含在进化和基因组微生物学女孩常用名字 本节详细介绍了新近描述的微生物之间的进化过程和进化关系的论文。主题包括微生物的基因组分析和环境中微生物组的宏基因组研究。 （Meta）基因组分析不能对正在研究的系统的微生物学提供重要的新见解，通常不会在AEM中发表。
的食品微生物学 部分涵盖稿件涉及食品微生物的所有方面，包括食品微生物病原体的食品微生物生态学，预测食品微生物，食品发酵，食品变质，益生菌和益生元。报告有关益生菌或益生元的影响的手稿应提供对该机制的新见解。手稿详述的微生物毒素或微生物代谢物的产生是合适的，如果该工作包括在微生物和其毒素或代谢物产生显著信息。本节还包括关于胃肠道微生物组的研究，因为它与分子毒理学，饮食和营养有关。食品微生物组的分子评估应遵循微生物生态学部分的指导原则。
的遗传与分子生物学 本节包括描述具有环境或实际意义的生物的遗传组织，表达，突变和修复的论文。
的手稿地球微生物学 本节必须强调微生物在陆地或水生生态系统（包括地下，含水层和海洋环境）的地球生物化学过程中的作用。主题包括矿化，在能量代谢中使用无机离子以及在极端环境中生长。侧重于与微生物学仅有微弱联系的地质过程的手稿将不符合AEM的资格。
无脊椎动物微生物学 手稿应处理无脊椎动物和微生物之间的相互作用，从共生和共生到寄生性和致病性。除非涉及微生物群落或个别微生物，否则描述处理来自动物，植物或昆虫细胞的代谢产物或毒素的工作或此类细胞的生理学的手稿不适合AEM。
新微生物学方法 必须提供新颖的方法来解决基本生物学问题，并且在有证明的应用程序陪同下将被考虑在AEM中发表。先前描述技术的应用描述，包括克隆，扩增和表达"国外" 基因，新的属或微生物物种通常不会考虑独立发表。描述创新过程中的应用，开发或改进必须出示结果工程菌株的构建手稿进行身份验证的工具，优势，这种菌株的独特性。
的微生物生态学 本节涵盖了有关微生物生态的广泛主题，包括与培养无关的分子评估，这些评估为（i）微生物的结构-功能关系，（ii）微生物的影响提供了新的见解。原位群落结构的条件，或（iii）微生物群落组成的变化对生态系统功能的影响。未提供此类见解的系统发育评估通常在AEM中不被接受。
的生理 本节讨论有关生物如何适应环境变化的问题，包括生物能，压力，饥饿，代谢挑战以及对营养变化的反应。
的植物微生物学 本节涵盖有关植物-微生物相互作用各个方面的手稿，包括共生细菌和根际细菌以及致病性微生物。
的公共和环境卫生微生物学 本节主要关注影响人类健康的环境传播微生物。环境卫生微生物学是公共卫生的一个分支，与引起疾病的微生物在环境中的发生以及与创造健康支持环境有关。具有人畜共患性质的微生物或通过水，土壤或环境表面传播的微生物特别受关注。
AEM并非专门从事原核生物的系统学研究，但是当系统发育或基因型数据伴随着大量的信息超出新的生物分类学描述时，描述新的原核生物分类学的分类学论文将受到欢迎。。这样的附加信息可能包括有关新分类群的新生态，生理，生物技术或进化特征的信息。对新分类单元的描述应包括足以使新分类单元得到验证的足够信息，并且必须包括属和物种的描述，这些信息应放在“讨论”部分的末尾。同样，新分类单元必须存放在位于不同国家/地区的两个公共可用文化集合中。通常应在补充材料中放置比较表型和基因型特征（例如，脂肪酸组成，底物谱，序列相似性）或相关物种的大量数据集，这些数据可能对新分类单元的分类学评估有价值。放置此类论文的期刊部分将取决于新分类单元的性质以及与之隔离的环境。
ASM出版了许多不同的期刊，涵盖了微生物学领域的各个方面。每个期刊都有规定的范围，在确定每种原稿的最合适期刊时必须考虑该范围。以下准则可能会有所帮助。
（i）AEM将考虑描述由野生型或基因工程微生物产生的，在工业或环境中具有重要意义或具有潜在意义的酶和蛋白质特性的手稿。有关酶或蛋白质的基本生物学现象的研究或其中已将酶用于基本生物学功能的研究更适合于细菌学杂志®.
（ii）AEM将考虑描述抗微生物剂作为阐明应用微生物和环境微生物方面的工具的论文。其他涉及抗微生物剂的论文，包括有关抗微生物剂的生物合成和代谢的手稿，更适合于抗菌剂和化学疗法®.
（iii）AEM将考虑与环境，公共卫生或工业微生物学有关的噬菌体或其他病毒的手稿。主要涉及病毒的附着和细胞内复制，病毒与宿主代谢的相互作用，病毒结构或病毒基因组学的论文更适合于病毒学杂志®.
(iv) Manuscripts dealing with the immune system or with topics of basic medical interest or oral microbiology are more appropriate for 感染与免疫®。应用于医院的临床研究和环境生物学报告应提交给临床微生物学杂志®.
（v）AEM和mSphere® 接受有关种群动态和真核微生物生态学的手稿。对具有确定的经济或生态意义的微生物群落和微生物种群（例如植物病原体或共生体）进行研究通常更适合于AEM。
（vi）有关已被其他生物广泛描述的有关酶的纯化和表征或基因克隆的手稿，只有在其提供实验支持的关于这些酶的生物学作用，特性或应用的新见解时，才考虑出版。与原型仅有微小差异的基因或酶的描述不适合AEM。
有关这些准则的问题可能会直接发送给正在考虑的期刊的主编。
如果编辑建议转给另一本ASM期刊，则会联系相应的作者。
请注意，一份ASM期刊出于科学理由或基于其总体适用性而拒绝发表的手稿被视为所有其他ASM期刊都拒绝了的稿件.